Modelação hidrodinâmica e biogeoquímica estuarina com MOHID.
Desenvolvimento dos modelosda de qualidade da água e biogeoquímicos (sistema MOHID).
Modelação da qualidade da água em reservatórios (CE- QUAL- W2).
Participação em vários projectos de I & D nacional e internacionalmente financiados.
Autor ou co-autor de 20 artigos em revistas científicas e 17 capítulos de livros.
Co-editor de 2 Edições Especiais (Journal of Marine Systems e Harmful Algae), e co-editor de dois livros.